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通常极性较大分子适用中极性树脂上分离，极性小的分子适用非极性树脂上分离；体积较大化合物选择较大孔径树脂；上样液中加入适量无机盐可以增大树脂吸附量；酸性化合物在酸性液中易于吸附，碱性化合物在碱性液中易于吸附，中性化合物在中性液中吸附；一般上样液浓度越低越利于吸附；对于滴速的选择，则应树脂可以与上样液充分接触吸附为佳。影响解吸条件的因素有洗脱剂的种类、浓度、pH值、流速等。洗脱剂可用甲醇、乙醇、丙酮、乙酸乙酯等，应根据不同物制裁在树脂上吸附力的强弱，选择不同的洗脱剂和不同的洗脱剂浓度进行洗脱；通过改变洗脱剂的pH 值可使吸附物改变分子形态，易于洗脱下来； 洗脱流速一般控制在0. 5 ～5mL/ min。
大孔吸附树脂的孔径与比表面积都比较大，在树脂内部具有三维空间立体孔结构，具有物理化学稳定性高、比表面积大、吸附容量大、选择性好、吸附速度快、解吸条件温和、再生处理方便、使用周期长、宜于构成闭路循环、节省费用等诸多优点。
大孔吸附树脂是否失效，主要以所吸附物质来确定。如果判断单周期运行终点，则可以根据所吸附底物性质来定，具体可以通过测定PH、电导率、折光、色谱等方法测定。一旦出口有少量底物泄露，说明部分树脂已经失效，此时可根据实验目的判断是否继续运行，若出口几乎已经与入口一致，则树脂基本上已经完全失效。
大孔吸附树脂是离子交换树脂的一种，其内部是多孔海绵结构，树脂多为球状颗粒，大孔指的是离子交换树脂的内部具有较多的大孔结构，以及其外表面积很大，能够更有效的吸附水溶液中的离子、有机物。大孔树脂大致可分为非极性树脂、弱极性树脂和极性树脂，依据需要吸附的离子选择不同的大孔吸附树脂，如非极性树脂用来吸附非极性溶液。
有时，由于树脂对目的物的吸附力很强而造成解析困难。这时则可以考虑使用联合解析法。如使用碱性或酸性乙醇，同时提高解析剂的温度等等。有时，为了提高解析液中目的物的纯度，不选用解析效果好的解析剂。有时为了简化整个系统，不选用价格便宜的解析剂。
被吸附化合物的分子量大小不同，要选择适当孔径的树脂以达到有效分离的目的。在同一种树脂中，树脂对分子量大的化合物吸附作用较大。化合物的极性增加时，树脂对其吸附力也随之增加。若树脂和化合物之间产生氢键作用，吸附作用也将增加。
